Kategori: Endast text

Vilket är ditt favoritgennamn?

Mitt favoritgennamn är TIME FOR COFFEE. Denna gen är inblandad i att ställa backtravens inre klocka så att växtens dygnsrytm följer det verkliga dygnet. TIME FOR COFFEE påverkar dygnsrytmen under den senare delen av natten. Namnet syftar på att detta är en tid på dygnet då människor vanligen behöver kaffe för att kunna göra någonting överhuvudtaget. När man studerar dygnsrytmer är man ofta tvungen att vara på labbet dygnet runt för att ta prover, så jag misstänker att citatet nedan var baserat på personlig erfarenhet.

”We located TIC function to the mid to late subjective night, a phase at which any human activity often requires coffee”*

Det finns en lång tradition bland växtgenetiker att döpa mutanta växter till något som anspelar på mutantens avvikande utseende. Namnet får gärna vara komiskt eller anspela på något som alla antas känna till. En backtravsmutant vars blommor har extra många ståndare på bekostnad av pistillen (eller snarare karpellerna i pistillen) kallas till exempel superman. Superman är ju det engelska namnet på Stålmannen.

När den molekylära genetiken slog igenom inom växtbiologin för ca 20-25 år sedan kunde forskarna för första gången identifiera de muterade gener som orsakade avvikelserna hos växtmutanterna. Plötsligt hade gener gått från att vara ett abstrakt, statistiskt begrepp till att vara något fysiskt som fanns på riktigt. Något som finns på riktigt behöver ett namn, så dessa gener fick ärva namnet från mutanterna. Mutanten superman har alltså en mutation i genen SUPERMAN.

Det finns vissa komplikationer, men i princip fungerar detta namngivningssystem ganska bra. I alla fall efter att man införde skrivregler för att undvika den förvirring som kan uppstå när olika saker har samma namn. I de flesta (men inte alla) växtarter skrivs numera gennamn med kursiverade stora bokstäver, proteinnamn med icke-kursiverade stora bokstäver och mutantnamn med kursiverade små bokstäver.

—

*Citatet kommer från Anthony Hall m.fl. (2003) The TIME FOR COFFEE Gene Maintains the Amplitude and Timing of Arabidopsis Circadian Clocks. The Plant Cell 15(11): 2719-2729. TIC är den officiella förkortningen av TIME FOR COFFEE. Forskare har ofta ett starkt behov av att hitta på förkortningar för allting, oavsett om det behövs eller inte.

Keramik (och smällare?) är betydligt äldre än jordbruket

Jag har alltid varit övertygad om att det var bofasta jordbrukare som uppfann kokkärl av keramik. Varför skulle jägare och samlare lägga ner tid på att tillverka något så tungt och otympligt när det är både godare och enklare att grilla maten eller att tillaga den på heta stenar? Stenar kan dessutom användas både som stekpanna och som ugn. Men jag hade fel.

Det är inte bara spannmålsbaserad mat som är mycket äldre än jordbruket, utan även kokkärl av keramik. I dagens Japan kokade människor fisk (det står egentligen vattenlevande organismer i artikeln) i keramikkärl för ca 12 000-15 000 år sedan. Ännu äldre keramik som också verkar ha använts för matlagning har hittats i Kina. Åtminstone antyder sot och brännmärken på kärlen att de har bränts, men det är inte känt vad människorna i sådana fall lagade för mat i dem. Denna keramik är ca 19 000-20 000 år gammal och hittades i en grotta i östra Kina. Även i dagens Ryssland har keramikkärl som är äldre än jordbruket hittats, så det verkar som att användandet av keramik för att koka mat var utbrett i Asien långt innan jordbruket.

Det är svårt att definitivt bevisa att ett kärl verkligen använts för matlagning. De spår av fisk som forskarna hittat i de japanska krukorna skulle ju t.ex. kunna komma från förvaring av mat, snarare än tillagning, fast då dessa krukor enligt foton verkar ha rund botten passar de inte särskilt bra som förvaringskärl.

Att keramiken i sig är äldre än jordbruket är ingen nyhet. För ca 26 000 år sedan tillverkade människor keramik i Östeuropa, men här tillverkade de inte kärl. Istället tillverkade de bland annat små djur- och människofigurer, men framför allt tillverkade de tusentals pyttesmå oregelbundna keramikklumpar. Det märkliga med denna keramik var att kvaliteten inte var särskilt bra och nästan alla föremål som hittades var trasiga. De verkade ha spruckit av hetta.

Pamela B. Vandiver, Olga Soffer, Bohuslav Klima och Jiři Svoboda presenterade i sin artikel från 1989 idén att detta inte var någon slump utan att dessa människor tillverkade smällare av keramik! De noterade nämligen att om man slänger in liknande keramikföremål i elden så fräser och ångar de först för att sedan spricka med en smäll. Ibland exploderar de till och med och så att bitarna flyger iväg åt alla håll. Det hela kan naturligtvis ha varit en ritual, vilket författarna förslår, men ritual verkar vara arkeologers standardförklaring till allt.

Eftersom folk är som de är, och människorna på stenåldern fungerade på samma sätt som dagens människor (även om deras samhälle var annorlunda), så lutar jag mer åt att det hela var allmän underhållning. Precis som dagens smällare och fyrverkerier är underhållning. Det vore faktiskt rätt komiskt om ursprunget till keramik var att människor gillar smällare.

Referenser:

O.E. Craig m.fl. (2013) Earliest evidence for the use of pottery. Nature 496: 351–354

X. Wu m.fl. (2012) Early pottery at 20,000 years ago in Xianrendong Cave, China. Science 336: 1696-1700

P.B. Vandiver m.fl. (1989) The Origins of Ceramic Technology at Dolni Věstonice, Czechoslovakia. Science 246: 1002-1008

Plattektonikens vackra produkter

Ädelstenar är inte bara så vackra att människor är villiga att betala miljoner för dem. De kan också vara användbara för geologer. Det tycker i alla fall Robert J. Stern, Tatsuki Tsujimori, George Harlow och Lee A. Groat som skrivit en artikel i Geology där de försöker lansera termen plattektoniska ädelstenar (plate tectonic gemstones) för jadeit och rubin. Dessa vackra stenar kan nämligen användas som indikatorer på specifika plattektoniska händelser.

Det finns två olika stenar som går under namnet jade: jadeit [NaAlSi2O8] och nefrit [Ca2(Mg,Fe)5Si8O22(OH)2]. Jadeit bildas när oceanisk jordskorpa trycks ner under en annan kontinentalplatta i en subduktionszon. Det höga trycket gör att material från den oceaniska plattan lättare löses upp och bildar en mineralrik vattenlösningen som flyter uppåt mot den överliggande manteln. Jadeit bildas av kemiska reaktioner mellan den mineralrika lösningen och manteln. Hittar man jadeit har man alltså hittat en gammal subduktionszon.

Rubin är en ädelstensvariant av korund [Al2O3]. I rubiner är aluminiumoxiden förorenad med små mängder krom och resultatet är en intensiv röd färg. Ädelstenar av korund som har någon annan färg än knallröd kallas safirer. Rubiner bildas när två plattor med kontinental jordskopa krockar med varandra. Hittar man rubiner har man alltså hittat en gammal kollisionszon mellan två kontinenter.

Jag jobbar i och för sig inte som geolog, men jag tycker att namnet plattektoniska ädelstenar är rätt trevligt.

Fladdermöss i sommarnatten

Igår följde jag med på en fladdermusvandring anordnad av Biotopia. Vi tog med oss ultraljudsdetektorer och begav oss ut i Uppsala för att leta fladdermöss. Just denna natt var ovanligt högljudd, för gymnasieeleverna tog studenten och ville naturligtvis fira. I parken vid Biotopia, där vi började utflykten, hittade vi inga fladdermöss. Inte heller i parken vid mitt gamla studenthem. Visserligen hörde vi klickande i ultraljudsdetektorerna, men det var inte från fladdermöss utan från cyklar. Cyklar låter märkligt likt fladdermöss i en ultraljudsdetektor.

Inte förrän vi följt Fyrisån en stund började det åter klicka i detektorerna. Den här gången var det verkligen fladdermöss som klickade. Den första fladdermus min grupp hittade var en vattenfladdermus som cirklade runt, runt över vattnet i Fyrisån. Den såg vi väldigt bra för den flög bara någon meter från oss. Vattenfladdermusens ekopejling lät på frekvensen 45 kHz i detektorerna som ett ganska snabbt knatter. Alldeles i närheten flög även en nordisk fladdermus runt vid en bro över ån. Dess navigationsläte på 30 kHz lät i detektorerna ungefär som när någon hamrar i metall.

Vi hittade ytterligare en nordisk fladdermus en bit därifrån i en liten park nära ån. Dessutom pilade det snabbt förbi något som kan ha varit en dvärgfladdermus högt uppe bland träden. Det smattrade till i detektorerna på 55 kHz när den svischade förbi, men det gick för snabbt för att vi verkligen skulle kunna avgöra vilken art det var. Vattenfladdermus, nordisk fladdermus och kanske en dvärgfladdermus. Det var ett utmärkt resultat för en kort stadspromenad, och alla var nöjda och glada när vi mitt i natten kom tillbaka till museet.

Högsta prioritet: mat, frukt, vin och choklad

När det bestäms vilka växter som ska få sina arvsmassor sekvenserade så befinner sig den vetenskapliga nyttan av resultaten rätt långt ner på prioriteringslistan. Det blir uppenbart om man studerar listan på sekvenserade arter i Phytozome. Visserligen finns några vetenskapliga modellorganismer med, men de flesta är industrins favoritarter snarare än forskarnas.

Här hittar vi bland annat några av världens viktigaste grödor som ris, majs, potatis, sojaböna, cassava, durra, vanlig böna, tomat och gurka. Här finns också frukter som persika, äpple, papaya, apelsin och clementin. Sekvenserade växtarter som används inom andra industrier än matindustrin är lin, bomull och eukalyptus. Och så finns så klart vinranka och nu senast kakao med. De får väl anses representera njutningsindustrin.

Publikationen av kakaogenomet släpptes den 3 juni i Genome Biology. Jag är inte säker på att det verkligen räknas som ett stort framsteg för mänskligheten att vi numera har detaljerad information om vinets och chokladens arvsmassor, men å andra sidan är ju båda onekligen väldigt populära.

P.S. Grangenomet finns inte med i Phytozome. Den forskargruppen envisas istället med att köra en gammaldags stil med en egenhändigt tillverkad databas på en egen hemsida som inte är synkroniserad med något annat. Mycket irriterande!

Svensk forskare vann stort europeiskt uppfinnarpris

Uppföljning av min tidigare bloggpost om det Europeiska patentverkets stora uppfinnarpris:

Pål Nyrén vann priset i kategorin små och medelstora företag (small to medium-sized enterprises) för uppfinningen av pyrosekvensering. Grattis Pål!

Populäritetspriset, där vinnaren röstades fram av allmänheten, vanns av José Luis López Gómez för ett system som förbättrar hur tåghjulen hos höghastighetståg följer spåren i kurvor. Uppfinningen uppges ha gjort tågresande med det spanska tågbolaget Patentes Talgo både bekvämare och säkrare.

Tror du på sjöjungfrur?

”But are mermaids real? No evidence of aquatic humanoids has ever been found. Why, then, do they occupy the collective unconscious of nearly all seafaring peoples? That’s a question best left to historians, philosophers, and anthropologists.”

Detta är den amerikanska statens officiella ståndpunkt på ämnet sjöjungfrur. Ja, det finns en sådan, närmare bestämt från NOAA (National Oceanic and Atmospheric Administration). Tydligen har ett par fejkdokumentärer om sjöjungfrur på Animal Planet fått många av tokstollarna i USA att tro att sjöjungfrur finns på riktigt. Det gäller väl knappast någon större del av befolkningen (hoppas jag), men de troende verkar uppenbarligen vara tillräckligt envisa och högljudda för att den amerikanska staten ska anse att den behöver kommentera saken. Animal Planet gnuggar tydligen händerna av förtjusning över tittarsuccén och funderar på uppföljare. Marinbiologer, vetenskapskommunikatörer och statliga administratörer suckar djupt (när de inte ilsket fräser ifrån). Alla vi andra har väldigt roligt åt det hela…

Vackra blommor gjorda av mineraler

Hur kommer man egentligen på idén att om man tillför koldioxid (CO2) till en vattenlösning av bariumklorid (BaCl2) och natriumsilikat (Na2SiO3) kan man skapa pyttesmå ”blommor”, trattar och vaser? ”Blommorna” består i detta fall av utfällningar av mineralerna witherit (bariumkarbonat, BaCO3) och kvarts (kiseldioxid, SiO2), och forskarna som hittade på detta lyckades till och med lära sig kontrollera utseendet på utfällningarna i detalj genom att ändra koldioxidkoncentrationen, temperaturen och lösningens pH. De kallar det för nanoteknologi, fast de små blommorna faktiskt är i mikrometerskala, snarare än nanometerskala. Se färgbilder på de små ”blommorna” här. Artikeln ”Rationally Designed Complex, Hierarchical Microarchitectures”, som nyligen publicerades i Science, kan laddas ner från författarens hemsida. Kolla på bilderna! De är underbara.

Kommer morgondagens bilar att drivas av träd istället för fossil?

Enligt en rapport från Kungl. Vetenskapsakademiens energiutskott skulle Sverige kunna använda skogen för att bli självförsörjande på drivmedel. Vi behöver inte använda fossila bränslen alls. Det förutsätter dock att skogsbruket effektiviseras och att vi ersätter bensin och diesel med metanol (träsprit) och DME (dimetyleter). Båda dessa har tidigare använts som drivmedel i motorer. De är kanske inte jordens mest hälsosamma ämnen, men är sannerligen inte bensin och diesel heller, och de ger i alla fall betydligt renare avgaser. Metanol kan dessutom tillverkas från koldioxid, och koldioxidöverskott är ju för tillfället något vi gärna vill bli av med för klimatets skull. Dessutom kan metanol användas för att lagra energi från t.ex. vindkraftverk. Detta låter ju bra. Varför har vi då fortfarande bensin och diesel i bilarna?

Den mest grundläggande anledningen är naturligtvis att fossila bränslen fortfarande är alltför billiga för att biobränslen ska kunna konkurrera på allvar. Det finns trots allt fortfarande en hel del lättillgänglig olja i världen. Dessutom finns det konkurrerande idéer om vad träden i skogen ska användas till. En effektivisering av skogsbruket skulle i och för sig ge mer råmaterial, men det är inte självklart att ens detta överskott ska användas till att tillverka just drivmedel. Av träd gör man även t.ex. byggmaterial, papper och olika kemiska och biokemiska produkter.

Fungerande testanläggningar finns för att tillverka  biodrivmedel från träd, men ännu finns inga fullskaliga industriella anläggningar. Skogsindustrin behöver i och för sig hitta nya användningsområden för skogen, men det är en långdragen och dyr process att ställa om industriell produktion. Dessutom måste både fordon och infrastruktur anpassas. Kort sagt behövs det en hel del pengar och politisk beslutsamhet om det ska bli något av med det hela. Men visst skulle det vara ett stort steg på vägen mot målet att bli oberoende av fossila bränslen…