Foto av mig taget vid 11-tiden på kvällen. Fotograf: Henrik Aspeborg (med min kamera)
Det var som sagt inget vidare väder när vi var i Björkliden. Jag försökte ta lite snygga bilder på Lapporten, som jag kunde se från hotellrummet, men den var täckt av låga moln nästan hela tiden. Lyckades i alla fall få några hyggliga foton. Eftersom det är midnattssol nu i norra Norrbotten är det dagsljus även på kvällar och nätter. De flesta av konferensdeltagarna tyckte att midnattssolen var spännande, men för vissa svalnade entusiasmen när de fick problem med att sova. Hotellet hade rejält tjocka gardiner i fönstren, vilket gjorde rummen rätt mörka, men det räckte inte för alla.
LapportenSmörboll (Trollius europaeus)
Jag och andra drog fördel av ljuset och tillbringade en del tid sent på kvällarna med att vandra i fjällen. Mycket blommor hade redan slagit ut, och jag såg några fina vattenfall. Tyvärr var de fjällbjörkar som fanns i området huvudsakligen kala, efter att ha fått bladen uppätna av björkmätarlarver. Det är nu andra året i rad som det är utbrott av björkmätarlarver uppe i Björklidenområdet, och det gör att fjällbjörkarna ser kala och döda ut. De kala grenarna utan löv gjorde utsikten mycket tråkigare.
Björkmätarlarver äter upp fjällbjörkarnas blad.Björkar som attackerats av björkmätarlarver står bredvid de som fortfarande har löv.Vattenfall. Uppe i bergen fanns det fortfarande kvar en del snö.
Sista natten skulle gruppen gå en guidad ”midnattssolsvandring” upp på fjället. Idén var inte så tokig, men solen envisades tyvärr med att gömma sig bakom molnen. Dessutom blåste det rejält kallt när vi kom upp på kullarna, och efter allt regnande var stigen snarare ett träsk på flera ställen. Trots detta dök många av deltagarna upp i kläder (och skor) som hade passat bättre för en shoppingrunda på stan än för att vandra i fjällen. Fjällen är trots allt fjällen, även om detta bara var en kort promenad på några kilometer. Dessa människors reaktioner när de, lite för sent, insåg sitt misstag var nog det roligaste på hela resan (ja, ja, jag vet att det är lite taskigt av mig, men det var verkligen komiskt).
Ibland har man helt enkelt otur. Det har varit fantastiskt väder i Björkliden ett bra tag nu och väderleksrapporterna lovar fortsatt fantastiskt väder. Enda undantaget var helgen som var, d.v.s. när jag var där. Vi var drygt 50 forskare av flera olika nationaliteter som hade rest till Björkliden för att diskutera sekvenseringen av barrträdens arvsmassor och hur dessa data kan användas för forskning och för praktiskt skogsbruk. Huvuddelen av deltagarna var på ett eller annat sätt inblandade i antingen det svenska eller det kanadensiska grangenomprojektet. Tanken var att det amerikanska tallgenomprojektet också skulle delta, men med något enstaka undantag så backade de ur i sista stund.
Förutom folk från de två stora grangenomprojekten var också ganska många potentiella användare av informationen där, inklusive jag. Där fanns också representanter från mindre projekt som, med betydligt mindre budgetar, arbetar med att sekvensera och analysera andra barrträds arvsmassor. Några specialister på förädling var också där, men inga representanter från skogsindustrin.
Den främsta slutsatsen från konferensen var ungefär vad vad jag hade förväntat mig, nämligen att kvaliteten på de grangenomversioner som nu släppts är, rent ut sagt, usel. Dessa genomsekvenser kommer att bli viktiga resurser i framtiden, när de hunnit bli mer genomarbetade och kvaliteten har kontrollerats, men detta ligger ännu flera år in i framtiden. Det räcker nämligen inte med att bara läsa av granens DNA. Det kan göras snabbt och enkelt med dagens teknik, även för stora och komplicerade arvsmassor som barrträdens.
Problemet är att när man avläser DNA består resultatet i praktiken av små ”textsnuttar”, där ”texten” ifråga är skriven med ett alfabet som bara innehåller fyra bokstäver: A, T, C och G. Bokstäverna, som kallas för nukleotider eller baser, är förkortningar för molekylerna adenin, tymidin, guanin och cytosin. Man kan likna DNA vid en instruktionsbok som cellerna i en kropp använder för att de ska veta vad de ska göra och hur de ska göra det.
Verkligt exempel på två sekvenser från senaste versionen av poppelgenomet. Kan du hitta skillnaderna? Dessa sekvenser kan vara olika varianter av samma gen eller två olika men närbesläktade gener. Eller så är en (eller båda) helt enkelt fel. Vad tror du?
Med den teknik som genomprojekten använder är dessa ”textsnuttar” för det mesta några hundra nukleotider långa. Arvsmassan hos gran består av ungefär 20 miljarder sådana nukleotider. Småsnuttarna måste alltså pusslas ihop till en sammanhängande sekvens, vilket kallas för en genome assembly (ett sammansatt genom). Detta är ett enormt arbete som kräver en ofantlig datakraft, och för grangenomen har uppgiften hittills visat sig vara omöjlig.
Bioinformatikerna, d.v.s. dataprogrammerarna, som jobbar med detta har hittills lyckats pussla ihop större enheter på några tusen nukleotider, i vissa fall mer än tiotusen. Har man tur lyckas de ibland få med sekvensen för en hel gen i en enda sammanhängande enhet, men det är långt kvar till de miljarder av sammanhängande nukleotider som behövs för att man ska kunna prata om en ”riktig genomsekvens”.
Att pussla ihop genomet är inte ens den svåraste uppgiften. Det är först när man har en sammanhängande sekvens som det verkliga jobbet börjar. Då kan forskarna på allvar börja leta igenom sekvensen, försöka hitta t.ex. gener och markera vad som är vad. Detta, som kallas annotering, är i praktiken ett evighetsarbete, eftersom det alltid går att förbättra annoteringen av en genomsekvens.
Jämförande analyser av barrträdens arvsmassor baserat på dessa tidiga data bör alltså tas med en rejäl nypa salt, vilket inte verkar hindra folk från att kasta sig in i att göra just denna typ av analyser. Det är bättre att vänta på genomsekvenser av bättre kvalitet. Vi blev på konferensen lovade att nästa version av grangenomet kommer redan i höst, och den kommer att vara bättre. Lite oklart hur mycket bättre, men åtminstone bättre än den nuvarande. Så det är värt att leta lite i den nuvarande sekvensen, men man ska akta sig för att dra några slutsatser av vad man hittar där. Som så ofta annars gäller regeln skräp in, skräp ut även i detta fall.
Trots problemen med de nuvarande genomsekvenserna var det riktigt trevligt att tillbringa några dagar med att diskutera barrträd med andra som också är intresserade av dem. Sverige är visserligen ett land där skogsindustrin är väldigt viktig för ekonomin, men det innebär inte att jag brukar träffa särskilt många människor som är intresserade av träd.
Lapporten från Björkliden måndagen den 27 maj. Fotot är taget med webbkameran på www.bjorkliden.com.Samma utsikt fotograferad idag, drygt två veckor senare.
Ska inom kort till Björkliden för att delta i en vetenskaplig konferens om barrträdens arvsmassor. Vid den här tiden på året kan Björkliden innebära allt från vinterväder och skidåkning till sommar, sol och bad. Följer därför med viss spänning vårens inträde där uppe via hotellets webbkamera för att försöka lista ut om jag bör packa sommarkläder, vårkläder eller vinterkläder. För en månad sedan var det fortfarande snö överallt, men sedan dess har snösmältningen gått snabbt. Nu verkar snön huvudsakligen vara borta, och det grönskar för fullt. Ganska lovande alltså…
Björkliden ligger vid den enda väg som finns i denna del av Sverige. Vägen följer i princip den mycket äldre malmbanan mellan Kiruna och Narvik. Senast jag besökte Björkliden var för nio år sedan när jag tillbringade en extremt regnig sommar med att studera botanik i Abisko. Då fastnade jag i området när en vägbro mellan Abisko och Kiruna spolades bort av det forsande vattnet. Eftersom de flesta i Abisko hade bil, och varken ville överge bilen eller köra en gigantisk omväg via Norge, så var det ganska mycket folk som blev kvar betydligt längre än de hade tänkt sig på fjällstationen i Abisko i väntan på att bron skulle byggas upp igen. Omständigheterna gjorde faktiskt att folk var öppnare och trevligare mot varandra än vad turister brukar vara, men vi får ändå hoppas att det går bättre denna gång.
Har denna vecka samlat in växtmaterial från barrträd för kommande experiment. Det är inte så ofta man som molekylärbiolog jobbar utomhus, så det gäller att ta vara på de chanser man får. Strålande försommarväder med skinande sol passar utmärkt.
Växtmaterialet ska jag sedan använda för att klona gener och studera deras aktivitet, men först måste det samlas in och frysas ner (i flytande kväve!). Eftersom t.ex. unga kottar bara finns en gång per år, i bästa fall, kan man inte vänta tills man ska göra experimenten, utan det är växterna som bestämmer när insamlingsperioden är. Sedan får materialet ligga i -80°C i frysen tills jag ska använda det.
Jag ville egentligen ha tag i unga grankottar, men jag har inte hittat en enda ung grankotte i Stockholm i år. Varken honor (frökottar) eller hanar (pollenkottar). Granar gör ofta kottar med några års mellanrum, och detta år är uppenbarligen inget kottår. Tallarna däremot har massor av kottar, så det fick bli tallkottar istället.
Hos både gran och tall är de unga kottarna vackert knallröda. Hankottarna vissnar efter pollineringen, eftersom de inte längre behövs. Honkottarna byter istället färg och blir bruna. De är inte färdigutvecklade förrän fröna släpps. Stark färg precis vid pollineringen brukar vara kännetecknande för djurpollinerade växter. Problemet är att alla är helt överens om att både tall och gran är vindpollinerade. Inga djur är inblandade! Visserligen finns det andra nakenfröiga växter som är insektspollinerade, men inte just dessa. Så varför knallröda kottar? Ingen verkar ha någon bra förklaring.
Unga honkottar (tall)Hankottar som släpper pollen (tall)Unga hankottar (tall)
Det är inte bara barrträden som har kommit igång. Här blommar det för fullt. Jag hittade bland annat blommande liljekonvaljer nära jobbet.
Som forskare, speciellt i naturvetenskapliga ämnen, förväntas man vara villig att arbeta utomlands. Även i Sverige arbetar man oftast tillsammans med kollegor från alla möjliga länder. Själv gillar jag att diskutera skillnader och likheter mellan olika språk, politiska system och kulturer, så jag tycker att detta är en av de stora fördelarna med mitt jobb. Visst uppstår det ibland tålamodsprövande kulturkrockar och språkproblem, men dessa har aldrig varit några större problem. En bieffekt av denna internationella arbetskultur är att man får en mer nyanserad bild av sitt eget land och sin egen kultur.
Mot slutet av min doktorandtid gick jag en kurs som handlade om karriärvägar för disputerade. Eftersom lärarna på den kursen mer eller mindre tog för givet att vi tänkte arbeta utomlands i några år så betonade de rätt hårt hur mycket Sverige skiljer sig från de flesta andra länder vad gäller kultur och värderingar. Poängen i deras fall var att markera att svenskar kan ha extra svårt att anpassa sig till att leva och arbeta i andra kulturer. Jag är inte så säker på att det verkligen är sant, men det stämmer att Sverige är ett ganska säreget land jämfört med andra. Bland annat visade de en variant av denna graf över hur värderingar varierar mellan befolkningar. Svenskarna klassificeras här som extremt sekulära individualister, vilket stämmer ganska bra med min erfarenhet. Inte ens jämfört med de andra nordeuropéerna är vi riktigt normalt funtade!
The World Value Survey Cultural Map 2005-2008 av Ronald Inglehart och Christian Welzel
Här är en doktorand som verkar ha riktigt kul på jobbet! Chansen att en doktorsexamen i improviserande steppdansares kultur leder till ett jobb är kanske inte så stor, men å andra sidan är evolutionsbiologi (som min avhandling handlade om) inte heller ett särskilt arbetsmarknadsanpassat val.
Helt plötsligt får jag lust att plocka fram mina gamla steppskor igen. Jag testade för många år sedan att gå några steppkurser, men gav upp efter ett tag. Jag lyckades aldrig lära mig kurskoreografin ordentligt. Improvisation låter mycket roligare. Problemet är var man ska öva någonstans? Lägenheten är nog ingen bra idé…
Två månader på en isbrytare i vattnet utanför Antarktis komprimerade till knappt fem minuter. Cassandra Brooks monterade en kamera i fören på isbrytaren Nathaniel B. Palmer och skapade denna helt underbara video. Vackra bilder av is av allehanda slag med Cassandra som kommentatorröst. Det är häftigt att se hur isbrytaren tar sats ordentligt för att knuffa sig fram när den kört fast. Och pingviner är supersöta i ultrarapid. Tack till Deep Sea News, en av mina absoluta favoritbloggar, för tipset.
Att söka pengar för sin forskning från de officiella forskningsfinansiärerna är en arbetsam, krånglig och framför allt vansinnigt ekonomiskt ineffektiv process. Finns det något mer vettigt sätt att få ihop de pengar som behövs? Och då menar jag inte den metod som Amy i The Big Bang Theory använde när hon finansierade sitt lab genom att förlova sig med en rik saudiarabisk prins.
Faktum är att det finns ett annat alternativ. Huvuddelen av forskningen är skattefinansierad, och skatterna i sin tur kommer ju (på ett eller annat sätt) från folket. Så varför inte skippa mellansteget, som slukar så mycket av pengarna, och gå direkt till källan? Detta, som kallas crowdfounding eller gräsrotsfinansiering, har blivit allt mer populärt bland forskare utomlands, men har ännu inte fått fotfäste i Sverige.
För att finansiera din forskning med gräsrotsfinansiering behöver du en hemsida med någon form av betalningsfunktion, som är upplagd så att du kommer åt att använda pengarna till forskningen. Och så behöver du på ett lättbegripligt, intresseväckande och framför allt engagerade sätt tala om (på sagda hemsida) varför folk ska skänka pengar till just dig och din forskning. Om folk tycker att din presentation är tillräckligt spännande kommer pengarna att börja flöda in. Om du upplevs som tråkig eller orelevant får du inga pengar.
Men en tillräckligt engagerade video kan man bevisligen få in stora summor pengar på det sättet. Det kan också fungera att erbjuda något spännande eller roligt i utbyte mot pengarna, som dessa forskare som erbjuder växter som lyser i mörkret till alla som skänker minst $40 till deras forskning. De har hittills, till och med idag, fått in $288000. Tyvärr får du inte ta emot dessa växter inom EU, så vill du ha självlysande växter hemma måste du flytta utanför EU.
Nog är pollensäsongen igång alltid. Det märks genom att ögonen börjar klia och näsan rinna så fort jag kommer utanför dörren. Alltså borde det finnas aspblommor att samla in till mina experiment. Egentligen vore det bättre att använda blommor från amerikansk jättepoppel för experimenten, men det är lite dåligt med jättepopplar här i krokarna så asp får duga.
I vanliga fall växer det asp var man än vänder sig, men när man behöver få tag i en blommande asp finns de plötsligt ingenstans. Speciellt inte själva blommorna. De irriterande björkarna däremot verkar ha hur mycket blommor (och pollen) som helst.
Även om jag inte hittade några aspblommor på dagens promenad, så hittade jag i alla fall andra fina vårblommor. Blåsippor, vitsippor och snödroppar blommade alla längs den rätt slingriga väg jag gick till mataffären.
